У меня получается такая последовательность:
1) выполнить javac -d bin ./src/ru/mai/kaf/* это скомпилирует наши java файлы в class в папку bin
2) выполнить jar -cmf manifest.mf my-first.jar -C bin . это соберет наши скомпилированные файлы в один .jar
3) запустить .jar файл java -jar .\my-first.jar 